José Humberto Flores Bustamante, se ha dedicado a la aplicación de las matemáticas en la solución de problemas sociales, económicos y humanos de carácter contingente, que afectan la a las personas físicas y morales, los últimos 25 años ha investigar en los campos de la historia y la lingüística mesoamericana desde un enfoque cuantitativo.
Además, con el propósito de encontrar algunos de los factores impulsores del desarrollo de la sociedad mexicana, ha realizado varias investigaciones, en las que combina el enfoque matemático con el de las ciencias humanas, en diversos campos: antropológicos, lingüísticos, axiológicos, y espirituales de dicha población a lo largo de su historia. En las que aprovecha su variada formación como: Militar egresado del HCM; como Actuario, egresado de la Facultad de Ciencias, UNAM; como Maestro en Promoción de Valores Humanos, formado en el Centro de Estudios de los Valores Humanos, A.C.; de su especialización en Mística y Espiritualidad, estudiada en el Centro Internacional Teresiano Sanjuanista, de Avila, España y la Maestría y Doctorado en Estudios Mesoamericanos, de la Facultad de Filosofía y Letras y el Instituto de Investigaciones Filológicas de la UNAM.
Como profesor y conferencista se ha dedicado a la promoción de las culturas, lenguas y valores humanos de los pueblos originarios de Mesoamérica.
Es autor de varios libros como: Los directores del Heroico Colegio Militar en el 175 aniversario de su fundación (1823 a 1998), Asociación del Heroico Colegio Militar, México 1999 y coautor con Lucrecia Menéndez y García de los libros: El Renacimiento Espiritual de los Laicos, México, 1995, y La Mística Náhuatl. Experiencias de Dios en el Mundo Precolombino, Estudiadas en sus Fuentes, México, 2003.
Colaboró en la publicación colectiva “Descubriendo una nueva imagen de Huitzilopochtli oculta en el texto náhuatl del Códice Florentino, Cuaderno de Lingüística número 1, Diario de Campo, INAH – CNCA.
Preparó el índice analítico de la nueva edición de Cantares Mexicanos, Volumen I Estudios, ed. Miguel León-Portilla, UNAM–Fideicomiso Teixidor, México 2011.
En coautoría con Lucrecia Menéndez y García prepararon una nueva versión de la obra paradigmática de fray Bernardino de Sahagún y colaboradores, la Historia Universal de las cosas de Nueva España, también conocida como elCódice Florentino. Primera enciclopedia bilingüe e ilustrada de América, en donde quedaron registrados fielmente en lengua náhuatl: el pensamiento, tradiciones, y cultura de los pueblos originarios, así como la descripción de la fauna y los vegetales endémicos, los minerales y otros elementos naturales distintivos de Mesoamérica.
El objetivo, alrededor del cual construyó su tesis doctoral, fue el de seleccionar, a partir de una muestra de sustantivos nahuas, contenidos en el Códice Florentino, aquellos que tienen el mayor potencial descriptivo para identificar los temas principales de la cosmovisión prehispánica. Cabe notar que este punto de partida tiene mucho sentido porque, en general, los sustantivos son los portadores de la información cualitativa esencial de cualquier texto. El método diseñado en dicha tesis puede aplicarse en otros entornos, para la elaboración de resúmenes automáticos o para la inducción de palabras clave de una obra.